Οι ενδοσκοπήσεις αποτελούν ένα απο τα πιο σύγχρονα εργαλεία της κτηνιατρικής πράξης βρίσκοντας εφαρμογή σε πληθώρα παθολογικων καταστάσεων.

• οισοφαγοσκοπηση. Ελεγχος του αυλού του οισοφάγου για οισοφαγίτιδα, στενώση, αφαίρεση ξένου σώματος.
• γαστροσκοπηση. Έλεγχος του στομαχικού βλεννογόνου, λήψη βιοψιών σε περίπτωση χρόνιας γαστρίτιδας, διάγνωση στομαχικού έλκους, αφαίρεση ξένου σώματος.
• ρινοσκόπηση. Λήψη βιοψιών, αφαίρεση ξένου σώματος απο τις ρινικές κοιλότητες.
• τραχειο-βρογχοσκοπηση. Έλεγχος της τραχείας και των βρόγχων, λήψη βρογχικού εκπλύματος, αφαίρεση ξένου σώματος.